1990年12月，在福建省莆田市涵江区设立“冶金工业部第二地质勘查局地质矿产研究所”。
      1994年集中归并了原分散在二局一、二、三、四队和地质矿产研究所的主要地勘技术人员、地质资料-矿权资产，组建“冶金工业部第二地质勘查局地质矿产开发院 ”，院部设在原“冶金工业部地质勘查总局二局地质矿产研究所”所在地：福建莆田市涵江区。

      2001年8月，冶金工业部第二地质勘查局地质矿产开发院和冶金工业部第二地质勘查局地质矿产研究所合并后更名为“中国冶金地质勘查工程总局第二地质勘查院”。

      2006年9月，经国务院国资委批准，“中国冶金地质勘查工程总局”更名为“中国冶金地质总局”，我院作为下属单位名称相应变更为“中国冶金地质总局第二地质勘查院”。